南京医科大学近年来发展迅速，学校的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。
2015年，我校获得273项国家自然科学基金项目，创历史新高。我校学科国际影响力不断增强，根据ThomsonReuters公司的ESI(EssentialScience Indicators)数据库检索结果，我校已有临床医学、药理学与毒理学、神经科学与行为学、生物学与生物化学和分子生物学与遗传学共5个学科进入全球研究机构排名前1%。
在教育部学位与研究生教育发展中心2012年开展的第三轮学科评估中，我校基础医学位列第7，临床医学位列第18，口腔医学位列第6，公共卫生与预防医学位列第3，护理学位列第8。在上海交通大学发布的2015年“世界大学学术排名”中，列出了全球领先的500所研究型大学，我校继2014年首次入围该排名后，再次入围世界大学学术排名500强。
此外，我校地处经济文化发达的长三角区域，为教育、经济、卫生大省——江苏省的省会城市，毕业生就业率连续多年超过95%，其中90%以上在沿海经济发达地区就业。
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